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原文链接:https://www.nature.com/articles/d41586-026-00787-3
原文作者:Ewen Callaway
AlphaFold 现已能够预测同源二聚体复合物,包括由转录延伸因子 Eaf 的 N-端区域(此处所示)形成的复合物。图片来源:Google DeepMind/EMBL-EBI (CC-BY-4.0)
一个包含地球上几乎所有已知蛋白质预测结构的数据库,规模更加庞大,其在理解生命基本构成单元如何协同工作方面的作用也更加重要。
AlphaFold 蛋白质结构数据库 首次纳入了蛋白质复合物的预测,新增了 170 万个由相同分子相互作用形成的“同源二聚体”(homodimers)。
该数据库由位于英国欣克斯顿的欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)维护,并且免费开放,目前约包含 2 亿个使用 AlphaFold2 AI 工具(由伦敦公司 Google DeepMind 开发)预测的单个蛋白质结构。
自 2021 年发布以来,该存储库已成为科学发现的基石,也是研究生命分子层面运作机制的科研项目 首选参考资源。然而,以往版本的数据库未能预测蛋白质如何形成复合物,而这对于蛋白质的功能至关重要。例如,HIV-1 蛋白酶——一种关键的药物靶点病毒蛋白——只有在两个相同的蛋白质拷贝形成一个功能性酶时才能发挥作用。
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